W 2003 roku w Duszpasterstwie Akademickim przy klasztorze ojców Dominikanów odbyły się rekolekcje wielkopostne prowadzone przez ks. prałata Stanisława Orzechowskiego. Pod wpływem głoszonego Słowa, w sercu grupy studentów zrodziło się pragnienie zorganizowania regularnych spotkań modlitewnych. Zgłosili się oni do ówczesnego duszpasterza akademickiego – o. Mirosława Pilśniaka, z zapytaniem, czy byłoby to możliwe. Okazało się, że z podobnym pomysłem do o. Mirosława przyszedł kilka dni wcześniej inny duszpasterz – o. Aleksander Koza.
Grupa zaczęła spotykać się w środy. Po jednym z pierwszych spotkań, o. Aleksander zaczął opowiadać o swoich ulubionych świętych, w tym o św. Dobrym Łotrze. Święty ten zafascynował studentów. Sprawdzili kiedy obchodzone jest wspomnienie św. Dyzmy i ku ich zaskoczeniu, okazało się, że dokładnie 9 dni od tego spotkania. Studenci spontanicznie podjęli się nowenny do św. Dobrego Łotra, w której prosili, aby został patronem powstającej grupy modlitewnej.
Studenci próbowali różnych form modlitwy. Wkrótce okazało się, że tym co pociąga większość jest modlitwa Słowem Bożym. Nie tylko jego czytanie, ale również rozważanie i wsłuchiwanie się w to, co Bóg mówi przez nie o Sobie i o nas samych.
Po dłuższym czasie wspólnego spotykania się, Pan Bóg poprowadził grupę w kierunku modlitwy charyzmatycznej (KKK, pkt 799-801). O. Janusz Chwast OP poprowadził Rekolekcje Ewangelizacyjne Odnowy w Duchu Świętym (tzw. REO), które opierają się na głoszeniu kerygmatu. Konkretem w posłudze studentów stała się pomoc w organizacji modlitw uwielbienia w I czwartki miesiąca oraz modlitw o uzdrowienie w III niedziele miesiąca. Grupa odpowiadała za oprawę muzyczną oraz służbę techniczną i liturgiczną.
W 2010 roku część osób zakończyła okres studiów i opuściła łono duszpasterstwa akademickiego. Wtedy też pojawiło się w absolwentach pragnienie zawiązania Wspólnoty – bycia bliżej ze sobą i Pana Boga. Dzięki chęci kontynuowania formacji powstała Wspólnota pod patronatem św. Dobrego Łotra.
Świadomie została wybrana taka forma spotkań, by najpierw zbudować jak najgłębsze relacje pomiędzy członkami. Każdy z Łotrów złożył przed pozostałymi deklarację aktywnego uczestniczenia w życiu Wspólnoty. Deklaracje do tej pory są corocznie odnawiane przez wszystkich członków.
Rok później, ówczesny proboszcz parafii śp. o. Witold Słabig OP, poprosił Łotry o pomoc w organizacji spotkań osób chorych i niepełnosprawnych. Po rozeznaniu, Wspólnota podjęła się tej posługi i pełni ją do dziś. Również do tej pory Wspólnota wspiera ojców w organizacji i posłudze na wieczorach uwielbienia i w modlitwach o uzdrowienie.
W 2013 roku Wspólnota przeszła dużą reformę strukturalną. Od tego czasu kierowana jest przez dwoje liderów. W 2018 roku powołana została Rada Wspólnoty, której zadaniem jest pomoc liderom w rozeznawaniu kierunków rozwoju Wspólnoty.
Od 2022 roku opiekunami duchowymi są o. Norbert Oczkowski i o. Dawid Grześkowiak – wcześniejszy opiekun, o. Janusz Chwast, aktualnie opiekuje się Wspólnotą Jerozolima w Poznaniu.